（一）办公室
组织协调机关行政工作；负责文秘、督办、接待、政务信息、机要、信访等管理工作；负责局综合性报告、文件、材料的起草和有关重要会议活动的组织安排；负责局档案的收集、归档、利用和销毁等管理工作；负责单位内部安全保卫、后勤行政管理工作；负责本单位基本建设，设备采购及固定资产管理工作。

（二）政工科
负责局机关的组织人事、劳动工资、职称评聘、机构编制、教育培训、老干部管理工作；负责党总支的日常工作和群团工作；指导全市地方海事系统的精神文明建设、行风建设、职工队伍建设和对外宣传工作；负责本单位的纪检监察工作。

（三）政策法规科
负责综合性法律、法规的学习、宣传工作；负责修改、调研、起草涉及海事行政法综合性法规、规章工作；负责海事执法人员法规知识的学习、培训、考核工作；负责海事行政执法过程中合法性、程序性、规范性的考核工作；负责海事管理中规范性文件的合法性审查及备案工作；负责海事执法人员执法证的年审、颁发新证等管理工作。负责海事行政执法过错追究制的落实工作。负责上级政策法规部门下达的其他工作。

（四）财务装备科
贯彻执行船舶港务费、船检港监费征收政策和规定，贯彻制定全市地方海事系统有关财务管理办法规定；负责全市地方海事系统财务收支计划的编制平衡及下达上报工作，编制年度财务预决算；负责全市地方海事系统年、季财务报表的统计分析和收支计划执行情况的分析报告；负责局机关的财务会计核算工作以及会计凭证、帐簿、报表等财务资料的保管、管理和归档；负责收费票据的发放和管理；负责全市地方海事系统服装统计发放工作；制定并上报本辖区装备规划；负责辖区地方海事系统财务收支及专项资金的使用情况的审计工作。

（五）航行监督科（执法监督科）
宣传贯彻执行水上安全监督、船舶防污染有关政策、法规规章，制定具体实施施办法和意见；负责船舶通航秩序、通航环境管理和组织实施交通管制及船舶安全检查工作；负责船舶进出港签证工作的管理；协助省局做好水上水下施工、作业核准和航行通告、航行警告的发布工作；指导全市水上交通事故的调查处理工作，组织参与重特大水上交通事故的调查处理；负责全市辖区水上交通事故的统计、分析和上报工作；负责船舶载运危险货物的安全监督管理。组织危险货物申报员的培训、考试、发证工作；负责船舶防污染的监督管理及船舶污染事故的调查处理等，协调辖区内船舶遇险救助工作。

（六）船务管理科
贯彻执行水上安全监督的有关政策、法规，拟订具体办法和实施意见；负责全市船舶登记管理工作；负责管理全市各类三等船员及油船船员、游艇船员的培训、考试、审验和发证工作；负责对县市级地方海事机构船务管理业务指导工作；负责对全市乡镇渡口、渡工培训考试、发证工作。

（七）船舶检验科
贯彻执行船舶检验工作的有关政策、法规，拟定具体办法和实施意见；拟订本市船检工作的发展规划和年度工作计划；负责全市船舶检验、船检证书的管理工作；负责组织船长≤50米或主机总功率（工程船指原动机总功率,下同）≤368千瓦(500马力)的船舶图纸审查和建造检验；负责船长≥20米或主机总功率>29.4千瓦（40马力）船舶的建造和初次检验，负责船长>23米或主机总功率>29.4千瓦船舶营运检验。负责船用产品的日常检验，签发船用产品检验证书；协助省局做好地方船舶修造厂生产技术条件认可工作、船厂和船用产品厂的电焊工考试发证，参与有关船舶海损、机损事故的调查、研究和技术鉴定工作。

（八）科技信息科
负责全市科技信息化建设发展规划、开发、运用工作；负责全市科技信息项目研究、课题、科学技术的宣传工作；负责各类信息化基础设施的建设和运行维护工作；指导并监督基层海事机构的科技信息化工作；负责信息化宣传教育、人才培训和信息化工作经验交流工作；组织制定和执行系统内信息化发展的各项管理制度和技术标准；协调维护业务管理基础数据库等，收集信息化基础数据及管理信息。

（九）水上搜救中心